El origen de San Juan de los Esteros hoy Matamoros, data del año 1774 cuando un grupo de 13 familias procedentes de Reynosa y Camargo establecieron sus ranchos en la región y, para mutua protección, acordaron construir sus casas en terrenos de Don Ignacio Anastasio de Ayala escogiendo como nombre de esta población el de San Juan de los Esteros.

Nadie sabe con exactitud en que fecha se fundó San Juan de los Esteros ya que no existe registro alguno de este acontecimiento.

En el año de 1793 dos misioneros franciscanos del Convento de Guadalupe de Zacatecas visitaron la congregación, con la ayuda de vecinos trazaron la plaza al estilo español, fundaron la parroquia y bautizaron el lugar como Congregación de Nuestra Señora del Refugio.

Al lograr la independencia nacional, el gobierno federal autoriza la apertura del puerto y aduana en 1824.

El 28 de enero de 1826, el congreso del estado de Tamaulipas emitió el decreto número 12, mediante el cual se le otorga a la Congregación de Nuestra Señora del Refugio el rango de Villa y se le asigna un nuevo nombre a la población: Villa de Matamoros.